"1С:Аптека" расширяет функциональные возможности типового решения "1С:Розница" для работы со специфическим ассортиментом (лекарственные средства, товары медицинского назначения) и бизнес-процессами (посерийный учет лекарственных средств, контроль фальсификатов и сроков годности, контроль правил ценообразования и т.д.) аптек, как в варианте одиночной аптеки, так и сети аптек.

Основные функциональные возможности отраслевого решения:

• Оформление прихода лекарственных средств от контрагента на склады аптек, в том числе в двухфазовом (ордерном) режиме;
• Оформление перемещения лекарственных средств между аптеками, внутренними складами аптек, аптеками и складами предприятия, в том числе в двухфазовом (ордерном) режиме;
• Оформление возвратов товаров от покупателей (реализованы механизмы автоматического создания необходимых документов при возврате "Не День в День" в режиме РМК);
• Оформление документов инвентаризации лекарственных средств ("Инвентаризация товаров", "Списание товаров", "Оприходование товаров");
• Оформление приходных и расходных кассовых ордеров непосредственно в аптеках;
• Оформление документов перемещения денежных средств между аптеками, внутренними кассами аптек, аптеками и кассами предприятия;
• Оформление чеков продажи, и по окончании смены сводного отчета по контрольно-кассовой машине, с учетом возвращенных товаров в смену;
• Работа с эквайринговыми системами, учет оплат товаров по платежным картам, учет договоров эквайринга и условия возвращения / не возвращения торговой уступки эквайрером при возврате товаров;  
• Возможность использования процентных скидок по дисконтным картам (накопительные скидки), скидки с разделением по аптекам, скидки контрагентам, скидки на сумму чека, скидки по времени действия, по количеству товара, по виду оплаты;
• Поддержка торгового оборудования: фискальные регистраторы, терминалы сбора данных, сканеры штрихкодов, весовое оборудование, дисплеи покупателя, платежные терминалы, ридеры магнитных карт.